Seus problemas acabaram! (E as horas extras também!)
Com um simples Shell Script do windows você pode automatizar essa tarefa!
Veja no exemplo abaixo um script que chama um programa chamado folhapagamento.exe, informa o nome do usuário do sistema (Tecla enter), informa a senha (Tecla enter) e abre no menu a opção "Fechar Folha"(cuja tecla de atalho é ALT+F no menu), digita a data do parâmetro da folha a ser fechada e tecla "ENTER" (representado pelo sinal ~ ).
Este é só um exemplo de um ShellScript, salve com a extensão ".wsf" e coloque no agendador de tarefas do windows para rodar a hora que você quiser! Da próxima vez que precisar rodá-lo não esqueça de trocar os parâmetros! (da pra melhorar o script e pegar funções que retornam data no caso do exemplo).
Pra quem não tem paciência para criar scripts, pode comprar programas do tipo "Mouse and Keyboard Record", que capturam as teclas do programa quando você executa eles pela primeira vez e depois ajuda você a criar uma macro pra automatizar a mesma tarefa N vezes!.
(ex.: http://www.robot-soft.com/mouse-keyboard-recorder.html# )
<package>
<job id="vbs">
<script language="VBScript">
set WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.Run "c:\folha\folhapagamento.exe"
WScript.Sleep 100
WshShell.AppActivate "FolhaDePagamento"
WScript.Sleep 100
WshShell.SendKeys "MEU_USUARIO"
WScript.Sleep 200
WshShell.SendKeys "~"
WScript.Sleep 100
WshShell.SendKeys "MINHA_SENHA_XXXX"
WScript.Sleep 100
WshShell.SendKeys "~"
WScript.Sleep 1900
WshShell.SendKeys "%(f)"
WshShell.SendKeys "~"
WshShell.SendKeys "01/02/2013"
WScript.Sleep 200
WshShell.SendKeys "~"
</script>
</job>
</package>
Mais dicas e parâmetros de como trabalhar com script e sendkey:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/8c6yea83(v=vs.84).aspx